"Sáng và chiều nào qua hầm vào giờ cao điểm, hai đầu hầm đều chật cứng, xe máy chen chúc nhau, bên trong cũng phải di chuyển chậm cộng khói xe nên người rất mệt mỏi. Người dân ngày càng ám ảnh mỗi khi qua hầm Thủ Thiêm vào giờ này.
Tại hai đầu hầm, lực lượng CSGT, nhân viên Trung tâm Quản lý đường hầm sông Sài Gòn luôn túc trực cùng các phương tiện di chuyển như xe máy, xe kéo chở theo rào chắn để sẵn sàng ứng cứu, điều tiết xe cộ. Một nhân viên cho biết vào giờ cao điểm sáng và chiều, 3-4 người luôn phải điều tiết trước cửa hầm để xe máy đi vào đúng làn đường, không chạy vào làn dành cho ôtô, tránh gây tai nạn đáng tiếc.
Theo quy định, ôtô lưu thông với tốc độ 60 km/h, khoảng cách giữa 2 ôtô khi lưu thông qua hầm là phải trên 30 m. Nhưng nhiều tài xế không tuân thủ khoảng cách này, nhất là vào thời điểm đông xe cộ.
Thời gian qua, nhiều sự cố về giao thông đã xảy ra từ trong lẫn ngoài công trình. Những sự vụ xảy ra chủ yếu như phương tiện chạy quá tốc độ cho phép, tông đuôi nhau liên hoàn từ 2-5 xe, lao dải phân cách, chết máy, xe tải lật, tông người làm vệ sinh hầm… gây rất nhiều khó khăn cho lực lượng chức năng, ảnh hưởng đến giao thông khu vực này nhiều giờ.
Theo Trung tâm quản lý đường hầm sông Sài Gòn, trong năm 2016 có hơn 12,7 triệu lượt ôtô qua hầm (tăng 35,5% so với năm 2015) và hiện bình quân mỗi ngày có khoảng hơn 220.000 xe máy qua lại, tăng 10% so với năm 2016. Lượng xe qua hầm tăng đột biến được trung tâm này lý giả nguyên nhân do kể từ khi đường cao tốc TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây được kết nối với đại lộ Đông - Tây qua nút giao thông An Phú, quận 2. Xe máy cũng được di chuyển khoảng 4 km từ quận 9 qua quận 2 vào đại lộ Mai Chí Thọ trên đoạn cao tốc này. Tuyến đại lộ cũng là lựa chọn chủ yếu của người dân TP.HCM lưu thông qua hầm để ra vào trung tâm thành phố.
Bên cạnh đó, nhiều năm qua khu vực phía đông các dự án bất động sản mọc lên rất nhiều, thu hút một số lượng lớn cư dân tới đây sinh sống.
Do hầm Thủ Thiêm nằm sâu dưới lòng sông Sài Gòn (cách mặt nước hơn 20 m, chỗ sâu nhất đến 27 m) nếu xảy ra sự cố hậu quả sẽ vô cùng nghiêm trọng nên việc bảo đảm an toàn bên trong hầm được đặc biệt quan tâm.